Conferenza Operativa (art. 63, comma 9 del d.lgs. 152/2006), composta dal Segretario Generale che la presiede e dai rappresentanti delle amministrazioni presenti nella Conferenza Istituzionale Permanente; è convocata dal segretario generale che la presiede. Possono essere invitati, in funzione consultiva, due rappresentanti delle organizzazioni agricole maggiormente rappresentative a livello nazionale e un rappresentante dell'ANBI-Associazione nazionale consorzi di gestione e tutela del territorio e acque irrigue, per i problemi legati alla difesa del suolo e alla gestione delle acque irrigue. Può essere integrata, per le attività istruttorie, da esperti appartenenti a enti, istituti e società pubbliche, designati dalla Conferenza Istituzionale Permanente e nominati con decreto del Ministro dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, senza diritto di. La conferenza operativa esprime parere sugli atti di cui al comma 10, lettera a), ed emana direttive, anche tecniche qualora pertinenti, per lo svolgimento delle attività di cui al comma 10, lettera b). 

Funzioni:

• esprime parere sul  Piano di bacino distrettuale e i relativi stralci, tra cui il piano di gestione del bacino idrografico e il piano di gestione del rischio di alluvioni, nonché i programmi di intervento; 
• emana direttive, anche tecniche qualora pertinenti, per l’espressione dei pareri sulla coerenza con gli obiettivi del Piano di bacino dei piani e programmi dell'Unione europea, nazionali, regionali e locali relativi alla difesa del suolo, alla lotta alla desertificazione, alla tutela delle acque e alla gestione delle risorse idriche.