Conferenza Istituzionale Permanente (art. 63, commi 5 e 6 del d.lgs. 152/2006), composta da

• i Ministri (o i Sottosegretari di Stato dagli stessi delegati):
  • dell’Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, che presiede la conferenza;
  • delle Infrastrutture e dei trasporti;
  • delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali dei Beni e delle Attività Culturali e del Turismo nei casi in cui siano coinvolti i rispettivi ambiti di competenza;
• il Capo del Dipartimento della protezione civile della Presidenza del Consiglio dei Ministri;
• i Presidenti delle Regioni Abruzzo, Emilia-Romagna, Lazio, Marche, Molise, Toscana, Umbria (o gli Assessori dai medesimi delegati);
• il Segretario Generale (senza diritto di voto).

Possono altresì essere invitati due rappresentanti delle organizzazioni agricole maggiormente rappresentative a livello nazionale e un rappresentante dell'ANBI-Associazione nazionale consorzi di gestione e tutela del territorio e acque irrigue  (funzioni consultive);

Funzioni:

• adotta gli atti di indirizzo e coordinamento, i criteri e metodi per l'elaborazione del Piano di bacino in conformità agli indirizzi e ai criteri di cui all'articolo 57, i provvedimenti necessari per garantire comunque l'elaborazione del Piano di bacino, il Piano di bacino e i suoi stralci;
• individua tempi e modalità per l'adozione del Piano di bacino;
• determina quali componenti del Piano di bacino costituiscono interesse esclusivo delle singole regioni e quali costituiscono interessi comuni a più regioni;
• controlla l'attuazione dei programmi di intervento sulla base delle relazioni regionali sui progressi realizzati nell'attuazione degli interventi stessi;
• delibera lo statuto dell'Autorità di bacino, i bilanci preventivi, i conti consuntivi, le variazioni di bilancio, il regolamento di amministrazione e contabilità, la pianta organica, il piano del fabbisogno del personale, gli atti regolamentari generali.